第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
演员：罗伯特·帕丁森 娜奥米·阿基 史蒂文·元 托妮·科莱特 马克·鲁法洛 帕齐·费伦 卡梅隆·布莱顿 丹尼尔·亨绍尔 斯蒂夫·朴 安娜玛丽亚·沃特鲁梅 荷丽黛·格兰杰 布朗温·詹姆斯 安格斯·里 托马斯·图尔格斯 爱德华·戴维斯 蒂姆·凯 安娜·穆格拉利斯
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演员：安东尼·麦凯 哈里森·福特 丹尼·拉米雷斯 茜拉·哈斯 卡尔·鲁伯利 蒂姆·布雷克·尼尔森 吉安卡罗·埃斯波西托 豪莎·罗克莫雷 约翰内斯·豪克尔·约翰内森 平岳大 塞巴斯蒂安·斯坦 丽芙·泰勒 威廉·麦克·麦库洛 赫许·纳亚 里克·埃斯派耶 托德·艾伦·德金 达斯汀·刘易斯 蕾切尔·马卡里兰 蓬·库巴斯基 阿兰·波尔 阿娃·希尔 玛丽莎·香奈儿·汉普顿
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