位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
演员：竹内顺子 杉山纪彰 中村千绘 井上和彦 关俊彦 松本和香子 大塚芳忠 胜生真沙子 柴田秀胜 森久保祥太郎 伊藤健太郎 柚木凉香 小杉十郎太 增川洋一 远近孝一 田村由香里 江原正士 水树奈奈 鸟海浩辅 川田绅司 落合露美 大谷育江 重松朋 下屋则子 飞田展男 石冢运升 浅野真由美 石田彰 加濑康之 朴璐美 中田让治 保志总一朗 神奈延年 三木真一郎 中村大树 家中宏 福田信昭 楠大典 本田贵子 平田广明 津田健次郎 坪井智浩 河野智之 根本圭子 铃木琢磨 小林由美子 津田英三 伊藤和晃 浅井清己 佐佐木望
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演员：矢岛晶子 小林由美子 楢桥美纪 藤原启治 森川智之 兴梠里美 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 高田由美 七绪春日 富泽美智惠 三石琴乃 纳谷六朗 森田顺平
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演员：高山南 山崎和佳奈 神谷明 小山力也 林原惠美 山口胜平 田中秀幸 岛本须美 绪方贤一 堀川亮 松井菜樱子 宫村优子 岩居由希子 大谷育江 高木涉 高岛雅罗 堀之纪 立木文彦 小山茉美 三石琴乃 置鲇龙太郎 日高范子 池田秀一 古谷彻
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